W  pierwszych  wiekach   średniowiecza    życie naukowe koncentrowało się  na  terenie klasztorów i miało przede wszystkim  służyć dogłębnemu poznaniu liturgii. W wiekach XI-XII centrami życia intelektualnego stały się ośrodki miejskie. Przy miejscowych katedrach i kościołach powstawały bowiem  liczne szkoły. Poziom szkół  był zróżnicowany. Szkoły w których wykładali  sławni uczeni cieszyły się ogromnym powodzeniem. Przybywały do nich  setki studentów  z całej Europy. Wbrew obiegowym  sądom ludzie w owych czasach byli bardzo mobilni. Językiem wykładowym była łacina co powodowało likwidację wszelkich barier językowych. Równocześnie nastąpił rozwój także  innych- poza teologią- nauk. Ze względów praktycznych rozwinięto studia nad prawem kanonicznym ale także i prawem rzymskim oraz studia medycyny oparte na praktyce lekarskiej.

W ciągu XII-XIII w. najbardziej sławne szkoły przekształciły się w uniwersytety ( studia generalia).Były one  autonomiczne, nie podlegały jurysdykcji  lokalnej władzy świeckiej i kościelnej. Uniwersytet mógł założyć  papież, cesarz lub monarcha wydając odpowiedni przywilej.

Najstarszymi  uniwersytetami europejskimi są uniwersytet boloński oraz paryski.

Uniwersytet w Bolonii założył  cesarz Fryderyk Barbarossa w 1154. Wyróżniał się wysokim poziomem studiów prawniczych. Studenci byli zorganizowani w dwie federacje, z dwóch stron Alp,, na ich czele stała wspólna rada z rektorem , którego wybierali studenci. W późniejszym okresie profesorowie utworzyli tzw. kolegium doktorów.

Drugi najstarszy uniwersytet w Paryżu powstał jako korporacja kilku szkół kościelnych. Cieszył się protekcją papiestwa ( pierwszy przywilej uzyskał w 1194 r.). Stanowił federację 4 wydziałów (sztuk wyzwolonych, prawa kanonicznego, medycyny i teologii). Na czele tej federacji stał rektor wydziału sztuk wyzwolonych. Był to wydział wstępny, którego ukończenie było niezbędne, aby zapisać  się na jeden z wydziałów wyższych. Studenci zorganizowani byli w tzw. Nacje według miejsca pochodzenia. Uczelnia  paryska  zwana potem Sorboną ( od Roberta Sorbona, spowiednika Ludwika IX, fundatora jednego z kolegiów uniwersyteckich) kształciła  przede wszystkim  teologów. Wykładowcami byli m.in. Piotr Abelard, św. Albert Wielki i Tomasz z Akwinu. Czasami o  powstaniu  Uniwersytetu decydowały względy praktyczne, widoczne w przypadku powołania, przez papieża Grzegorza IX, uniwersytetu w Tuluzie dla zwalczania katarów.

W wiekach XIII i XIV kontynent europejski  został pokryty siecią uniwersytetów. Sojusznikiem i protektorem uniwersytetów było papiestwo, które popierało  emancypację środowiska naukowego w stosunku do świeckich władz lokalnych. W XIII w.  wprowadzona została zasada, iż powstanie nowych uniwersytetów bez  zezwolenia papieża było niemożliwe. Studenci  natomiast podlegali jurysdykcji  kościelnej.

Z tradycji średniowiecznej  przyjęto i zachowano do czasów  współczesnych zasadę autonomii uniwersyteckiej ( zakaz wstępu policji na teren akademicki bez zezwolenia rektora) czy organizowanie się  młodzieży studenckiej w tzw. korporacje akademickie.